لطفا برای مشاهده چکیده به متن کامل (pdf) مراجعه فرمایید.

زمینه و هدف: تشخیص دقیق و حساس RNA کووید19 از ارزش تشخیصی بسیار بالایی برخوردار است. واکنش زنجیره ای پلیمراز در زمان واقعی(real-time PCR) دقیق ترین تست تشخیصی(استاندارد طلایی) کووید19 شناخته می شود که RNA یا ماده ژنتیکی اختصاصی ویروس را ردیابی می کند و می تواند ویروس را طی چند روز پس از ابتلا به عفونت تشخیص دهد. لذا هدف از این مطالعه, تعیین و طراحی یک روش حساس بر پایه Real-time PCR برای تشخیص کووید19 می باشد. روش بررسی: این یک مطالعه تجربی کاربردی می­باشد. تمامی نمونه گیری ها و تست های آزمایشگاهی در مرکز آموزشی درمانی امام رضا(ع) لارستان، آزمایشگاه مولکولی تشخیص کرونا دانشکده علوم پزشکی لارستان و مرکز تحقیقات بیولوژی سلولی و مولکولی دانشکده علوم پزشکی لارستان در سال 1400 انجام شد. آغازگرها و کاوشگر اختصاصی کووید19 برای جایگاه ژنی ژن های N و RdRp به وسیله نرم­افزار الیگو 7 طراحی و سپس با استفاده از سایت NCBI بلاست شد. پس از سنتز آغازگرها و کاوشگرها، کیت real-time PCR بر روی 100 نمونه مثبت امتحان و تست ‍ های حساسیت(sensitivity)، اختصاصیت(specificity)، پایداری(stability) و اعتبارسنجی(validation) انجام شد. داده­های جمع­آوری شده با استفاده از آزمون­ حساسیت و اختصاصیت بالینی تجزیه و تحلیل شدند. یافته ها: کیت طراحی شده در این مطالعه قادر به شناسایی تمامی نمونه های مثبت کووید19 بود. در تست تعیین حساسیت، میزان حد تشخیص (Limit of Detection,LOD) کیت تشخیصی کووید19 تولید شده در این مطالعه 40 کپی در میلی لیتر گزارش شد. با بررسی نمونه های منفی و مثبت، اختصاصیت و دقت این کیت 100 درصد بوده، فقط قادر به شناسایی ویروس کووید19 بوده و تکرارپذیری بالا را نشان می دهد. کیت به خوبی شوک دمایی را تحمل کرده و دارای پایداری بالایی می باشد. علاوه براین، تفاوت معنی­داری بین کیت تولید شده در این مطالعه و کیت تجاری خارجی وجود ندارد. نتیجه گیری: با توجه به سطح حساسیت، اختصاصیت و هم­چنین دقت و پایداری مناسب در مقایسه با کیت های مشابه، این کیت می تواند برای تشخیص مؤثر ویروس کووید19 مناسب باشد.

زمینه و هدف: با توجه به حساسیت کم آزمایش مستقیم با مرکب چین و کشت برای تشخیص مننژیت کریپتوکوکی به کار بردن تکنیک های حساس لازم می باشد. در این مطالعه از روش PCR Polymerase Chain Reaction برای تشخیص کریپتوکوکوس نئوفورمنس به طور مستقیم از نمونه مایع مغزی نخاعی Cerebrospinal fluid استفاده گردید که بتوان توان تشخیصی را در مواردی که روش های قارچ شناسی ناتوان است افزایش داد.روش بررسی: مطالعه از نوع توصیفی - مقطعی بوده و تعداد 25 نمونه CSF بیماران دارای علایم مغزی مشکوک به مننژیت کریپتوکوکی که در طول سال 1388 به آزمایشگاه قارچ شناسی دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی تهران فرستاده شده بودند تحت آزمایش مستقیم با مرکب چین، کشت و PCR قرار گرفتند. مرحله دوم کار تهیه دو رقت 102 و 106 از کریپتوکوکوس نئوفورمنس در یک میلی لیتر CSF و مقایسه سه روش آزمایش مستقیم، کشت و PCR بوده است.یافته ها: در بررسی میکروسکوپی نمونه ها با مرکب چین تنها یک مورد مثبت شد و هم چنین آزمایش مستقیم هر دو رقت 102 و 106 مثبت گردید. نمونه ای که آزمایش مستقیم آن مثبت شده بود، کشت آن نیز رشد نمود. کشت هر دو رقت 102 و 106 نیز مثبت گردید. در بررسی با PCR تنها همان نمونه ای که آزمایش مستقیم و کشت آن مثبت شده بود از لحاظ مولکولی مثبت شد. PCR هر دو رقت 102 و 106 نیز مثبت گردید.نتیجه گیری: روش راه اندازی شده (PCR) توانست نمونه های کنترل و نمونه مثبت را به خوبی شناسایی نماید.

سابقه و هدف: سالمونلا انتریکا سروتایپ تیفی، باکتری مولد بیماری تب تیفوئید می باشد که سالانه بیش از 16 میلیون نفر در جهان به آن مبتلا میشوند و حدود 600 هزار نفر نیز در اثر آن می میرند. روش های کلاسیک تشخیص این بیماری اغلب وقت گیر می باشند و از حساسیت کافی برخوردار نیستند. هدف این مطالعه، ارایه نوعی روش مولکولی واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR: Polymerase Chain Reaction) برای تشخیص سریع و انجام اقدام های درمانی - بهداشتی مناسب و به موقع است.مواد و روش ها: در این مقاله تحقیقاتی ژن اختصاصی viaB مربوط به باکتری سالمونلا تیفی، هدفگذاری و از نرم افزار Generunner، برای طراحی پرایمرهای اختصاصی استفاده شد. واکنش PCR ژن فوق با استفاده از ژنوم باکتری استاندارد (PTCC 1609) انجام و ویژگی روش نیز با استفاده از ژنوم انواعی از نمونه های کنترل منفی تعیین گردید. به منظور ساخت کنترل مثبت، تعیین حساسیت و حد تشخیص، کلونینگ محصولات PCR در وکتور پلاسمیدی pTZ57R/T انجام گرفت.یافته ها: الکتروفورز محصولات PCR، باندی به طول 441 جفت باز را برای ژن viaB نشان داد. نمونه های کنترل منفی مورد استفاده هیچ باندی ایجاد نکردند. کلونینگ محصولات PCR در وکتور pTZ57R/T با استفاده از PCR، هضم آنزیمی و تعیین ترادف تایید گردید.بحث و نتیجه گیری: پرایمرهای طراحی شده برای ژن viaB در این روش میتواند با حساسیتی حدود 19 کپی از ژنوم برای شناسایی این ارگانیسم به کار رود و با ردیابی سریع و دقیق باکتری، از ایجاد عوارض پایدار و ناخواسته جلوگیری نماید.

هدف: تایید تشخیص کلستریدیوم سپتیکوم با استفاده از پرایمرهای اختصاصی به روش (PCR) در بین کلستریدیوم های جدا شده از مدفوع گوسفندان منطقه ارومیه.طرح: مطالعه آزمایشگاهی.نمونه ها: 28 سویه کلستریدیوم جدا شده از صد نمونه مدفوع گوسفندی منطقه ارومیه.روش: نمونه برداری از مدفوع تازه گوسفندی، انجام آزمایشات استاندارد میکروب شناسی برای جدا سازی کلستریدیا، استخراج DNA از سویه ها، انجام PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده از قطعه ژنی آلفا - توکسین.نتایج: آزمون بر روی تمامی 28 سویه به اضافه سویه واکسنی کلستریدیوم سپتیکوم به عنوان شاهد مثبت و سه تیپB,C,D  از کلستریدیوم پرفرنژنس به عنوان شاهد منفی انجام گردید. پس از انجام عملیات استخراج DNA با پرایمر اختصاصی قطعه ای از ژن همولیزین کلستریدیوم سپتیکوم (توکسین آلفای باکتری) عملیات PCR صورت پذیرفت. هر شش سویه کلستریدیوم سپتیکوم  به اضافه سویه واکسن در ژل آگارزباند 270 جفت بازی را از خود نشان دادند که به عنوان قطعه مورد نظر در ژن همولیزین کلستریدیوم سپتیکوم تلقی گردید. تمامی گونه های دیگر کلستریدیای استفاده شده، با این پرایمر منفی بودند.نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست امده، می توان پیشنهاد استفاده از روش PCR با پرایمرهای اختصاصی برای تشخیص سریع و اختصاصی کلستریدیوم سپتیکوم را توصیه نمود.

اورنیتوباکتریوم رینوتراکئال (ORT) به صورت یک عامل بیماریزای باکتریایی نوظهور در گله های ماکیان و بوقلمون شناخته شده است. تشخیص عفونت ORT با برخی مشکلات در کشت و شناسایی قطعی باکتری با کمک خواص بیوشیمیایی آن مواجه بوده است. دسترسی به یک روش شناسایی قطعی و قابل اتکا که بتواند در پژوهشهای آزمایشگاهی متداول بکار آید، حایز اهمیت می باشد. هدف از این مطالعه شناسایی ORT به روش زنجیره ای پلیمراز (PCR)، درمقایسه با روش کشت بود. به منظور راه اندازی این PCR از پرایمرهای OR16S-F1 و OR16S-R1، باکتریهای شناخته شده ORT و 7 گونه باکتری دیگر، نظیر هموفیلوس پاراگالیناروم و پاستورلا مولتوسیدا، به ترتیب به عنوان کنترلهای مثبت و منفی استفاده شد. روش استخراج فنل و کلروفرم برای تهیه DNA از نمونه ها به کار رفت. 60 نمونه تجمیع شده بدست آمده از نای و سینوس زیر چشمی 30 گله جوجه گوشتی کشتار شده در یکی از کشتارگاههای منطقه قزوین، از نظر آلودگی به ORT با هر دو روش کشت و PCR بررسی شدند. یک باند 784 جفت بازی در 5 نمونه کنترل مثبت ORT، 19 مورد از 60 نمونه اولیه، شامل 11 نمونه هموژنیزه نای و 8 نمونه سواب سینوس زیر چشمی و در تمامی17 نمونه باکتریهای جدا شده و مشکوک به ORT دیده شد؛ ولی در 7 مورد باکتری کنترل منفی مشاهده نگردید. در یک مورد از 41 نمونه اولیه منفی شده در PCR، باکتری ORT با کمک کشت جداسازی گردید و این باکتری تکثیر شده در آزمایش مجدد PCR مورد شناسایی قرار گرفت. پانزده مورد از 30 گله (50 درصد) در آزمایش PCR مثبت تشخیص داده شدند و تنها یک مورد از آنها در کشت باکتریایی منفی شد. بر اساس نتایج بدست آمده؛ PCR بکار رفته در این مطالعه می تواند برای شناسایی مطمئن و سریع ORT در نمونه های مشکوک به عفونت ORT استفاده شود، اما بهتر است که به منظور به حداکثر رساندن تشخیص عفونت، با روش کشت توام باشد.

بابونه کبیر Tanacetum parthenium)) از خانواده آستراسه که در قدیم با عنوان داروی تب بر استفاده می شد و مهم ترین ماده تشکیل دهنده آن پارتنولید یک سزکوئی ترپن لاکتون ها است. پارتنولید یک ژرماکرانولید لاکتون است، که به علت ارزش دارویی و فعالیت فارماکولوژی، عامل پیشگیری کننده میگرن بوده و در معالجه سرطان بسیار مهم است. این تحقیق به منظور مطالعه تغییرات بیان ژن های مسیر بیوسنتزی پارتنولید، ژرماکرن A سنتتاز (GAS) و پارتنولید سنتتاز (PTS) گیاه بابونه کبیر به روش روش واکنش زنجیره ای پلیمراز در زمان واقعی (Real Time PC) در سطوح مختلف شوری (شوری صفر EC=3. 2، شوری ملایم EC=6. 1، شوری متوسط EC=8. 4 و شوری شدید EC=10. 2) انجام شد و همچنین میزان پارتنولید تولید شده در برگ های جوان و بالغ گیاه با روش عصاره گیری HPLC به وسیله منحنی استاندرد پارتنولید و درصد اسانس توسط دستگاه GC/MS سنجیده شد. نتایج نشان داد که بیان ژن های مورد مطالعه در برگ های جوان و بالغ گیاهان تحت تنش شوری نسبت به گیاهان شاهد افزایش یافت. بیشترین میزان بیان ژن (TpPTS) در برگ های جوان در شرایط شوری شدید (2/10Ec=) و در برگ های بالغ هم در شوری شدید (2/10Ec=) و هم در شوری متوسط (4/8Ec=) مشاهده شد. بیشترین میزان بیان ژن TpGAS در برگ های جوان و بالغ مربوط به تیمارهای شوری شدید و متوسط بود. همچنین باتوجه به نتایچ به دست آمده، بیشترین میزان پارتنولید در برگ های جوان به ترتیب در شرایط تیمار شوری شدید (5/1 میلی گرم در گرم اسانس) و کمترین آن در نمونه شاهد 2/0 میلی گرم در گرم اسانس مشاهده شد. در برگ های بالغ نیز بیشترین میزان تولید پارتنولید مربوط به تیمار شوری شدید ( 18/1 میلی گرم در گرم اسانس) و کمترین مربوط به شاهد(1/0 میلی گرم در گرم اسانس) گزارش گردید. نتایج همبستگی بین ژن های ژرماکرن A سنتتاز و پارتنولید سنتتاز با میزان پارتنولید نشان داد که همبستگی مثبتی بین ژن های ژرماکرن A سنتتاز و پارتنولید سنتتاز با میزان پارتنولید وجود دارد.

زمینه و هدف: مقاومت دارویی در سویه های سودوموناس آئروژینوزا، به مشکلی جهانی تبدیل شده و پمپ های ترشحی از مهم ترین مکانیسم های مقاومت در این باکتری است. این مطالعه با هدف شناسایی جهش در پمپ های mexA،mexB  و بررسی میزان بیان پمپ mexA در ایزوله های بالینی جداشده از بیماران سوختگی انجام گرفت.روش بررسی: این مطالعه به صورت توصیفی بر روی 100 سویه سودوموناس آئروژینوزا جداشده از بیماران بستری در بیمارستان شهید مطهری تهران طی سال های 1394-1393 انجام شد. تست های آنتی بیوگرام با استفاده از دیسک دیفیوژن (بر اساس رهنمودهایCLSI ) صورت گرفت. اثر مهارکننده کربونیل سیانید 3-کلروفنیل هیدرازون(CCCP)  به روش میکرودایلوشن براث بررسی شد. جهش در ژن های mexA و mexB با تکنیک PCR، Sequencing و بیان پمپ mexA با تکنیک Real- time RT-PCR و فرمول 2-DDCT سنجیده شد.یافته ها: از مجموع 100 سویه سودوموناس آئروژینوزا، 95 سویه به ایمی پنم مقاوم بود. 16 سویه به اثر مهارکننده پاسخ داد و در نتایج MIC به همراه این مهارکننده، کاهش 4 برابری مشاهده گردید. در یک ایزوله، موقعیت 257 توالی پروتئینی mexB گلایسین، به اسید آسپارتیک تبدیل شد، ولی تغییری در MexA مشاهده نشد. 20% سویه ها، افزایش بیان در پمپ mexA داشتند.نتیجه گیری: طبق نتایج این مطالعه، مقاومت در نتیجه افزایش بیان پمپ ترشحی، بسیار نگران کننده است. از این رو کنترل عفونت جهت جلوگیری از گسترش مقاومت، با مدیریت دقیق تجویز دارو و شناسایی ایزوله های مقاوم ضروری است.

زمینه و هدف: کلوستریدیوم دیفیسیل عامل کولیت با غشای کاذب و اسهال وابسته به آنتی بیوتیک کسب شده از بیمارستان، به روش های فنوتیپی و مولکولی تعیین نوع می شود. هدف از این بررسی مطالعه پراکندگی ریبوتیپ های این ارگانیسم در محدوده جغرافیایی و در زمان مورد نظر بود.روش کار: در این بررسی 18 سویه از بیماران بخش های مختلف بیمارستانی در لهستان در سال های 1381 - 82 مورد آزمایش حساسیت به وانکومایسین و مترونیدازول قرار گرفت. نمونه ها با نور فرابنفش و لاتکس آگلوتیناسیون تعیین هویت مجدد شده و وجود توکسین های A و B مشخص شد. با استخراج DNA و تکثیر آن بوسیله واکنش زنجیره ای پلیمراز و الکتروفورز، ریبوتیپ آنها تعیین گردید.یافته ها: همه سویه ها به وانکومایسین و مترونیدازول حساس بوده و کلنی همه آنها در مقابل نور فرابنفش فلوئورسانس زرد مایل به سبز نشان دادند. همه سویه ها از نظر لاتکس آگلوتیناسیون مثبت گردیدند. هفت سویه از نظر وجود توکسین A مثبت بود. از نظر توکسین B همه موارد غیر از یک مورد مثبت شد. در تعیین ریبوتیپ مولکولی کلوستریدیوم دیفیسیل مشخص شد که این سویه ها متعلق به7 ریبوتیپ 12، 14، 17، 18، 29، 70 و 90 بوده و ریبوتیپ 17 (%61) از همه بیشتر بود.نتیجه گیری: در هر منطقه ای ریبوتیپ های خاصی از کلوستریدیوم دیفیسیل از شیوع بیشتری برخوردار بوده و برای مطالعات اپیدمیولوژیک تعیین ریبوتیپ های این کلوستریدیوم ضروری است و بهتر است سویه های شایع این ارگانیسم در مراکز بهداشتی و درمانی ایران نیز شناسایی شده و جهت پیگیری های اپیدمیولوژیک، ریبوتیپ آنها تعیین شود.

زمینه و هدف: لپتوسپیروز یک بیماری، مشترک انسان ـ حیوان با شیوع قابل توجه در جهان است. چون درمان فقط در روزهای اول بیماری موثر است، تشخیص درست و سریع لپتوسپیروز بسیار با اهمیت است. رشد میکروب بسیار کند است و به دلیل نبود آنتی بادیهای اختصاصی در هفته اول بیماری، سرولوژی نیز ناکارآمد است. بنابراین واکنش زنجیره ای پلیمریزاسیون (PCR) تنها راه تشخیص زودرس است. در این مطالعه حساسیت و دقت روش PCR متعارف در تشخیص سریع لپتوسپیروز در نمونه سرم مربوط به هفته اول بیماری ارزیابی شده است.روش کار: در این مطالعه تعداد 70 نمونه سرم واجد شرایط و اخذ شده در هفته اول بیماری از افرادی که علایم بالینی مشکوک به لپتوسپیروز داشتند و آزمون مرجع (میکروآگلوتیناسیون) نمونه سرم بار اول آنها منفی و نمونه بار دوم آنها مثبت بود (تبدیل سرمی که دال بر تشخیص قطعی بیماری است)، مورد مطالعه قرار گرفتند.یافته ها: در این مطالعه نتیجه PCR در 24 مورد مثبت بود. حساسیت این روش %74.5 و دقت آن 100 باکتری در هر میلی لیتر سرم بود.نتیجه گیری: این مطالعه نشان می دهدPCR  تنها روش سریع برای تشخیص لپتوسپیروز در هفته اول بیماری است ولی حساسیت آن خیلی بالا نیست، در حالی که روشهای دیگر کاربرد ندارند.